Regelrecht verbod maakte plaats voor aarzelend gedogen. De beroemdste anatoom aller tijden was de in Brussel geboren en in Leuven en Parijs opgeleide Andreas Vesalius (1514-1564). Het vak anatomie was toen al meer dan honderd jaar oud. Vesalius was de eerste die zich niet liet leiden door wat illustere klassieke artsen en filosofen zoals Galenus of Aristoteles hadden opgemerkt. In 1543 verscheen zijn De humani corporis fabrica - een mijlpaal.
Ook in Amsterdam werden de lichamen van misdadigers ter beschikking gesteld van de medische wetenschap.’s Winters konden Amsterdammers in de Waag toekijken bij de lessen. Dat was overigens geen wekelijks terugkerend genoegen - daarvoor was het aantal ter dood veroordeelden in Amsterdam en omstreken veel te gering.
Illustere artsen en professoren lieten zich graag afbeelden aan de snijtafel. De beroemdste anatomische les is ongetwijfeld die van professor Nicolaes Tulp (1593-1674) door Rembrandt. De universiteit heeft een oude kopie van goede kwaliteit. Tulp was de eerste die een aap op de snijtafel legde.
In de zeventiende en achttiende eeuw deden meer anatomen onderzoek naar dieren en naar de overeenkomsten en verschillen tussen dieren en de mens. In de Republiek was Petrus Camper (1722-1789) beroemd (en berucht) vanwege zijn niet aflatende interesse en activiteiten op het terrein van de vergelijkende anatomie.
Zijn borstbeeld staat achter professor Lodewijk Bolk (1866-1930) en zijn collega's, die zich lieten schilderen tijdens het uit elkaar pluizen van een baviaan. Op een ander schilderij is de beroemde bioloog Max Weber (1852-1937) bezig met een leeuw, een voormalige inwoner van dierentuin Artis. Op de voorgrond spoelt een assistent de darmen uit. Dankzij de dierentuinen en de koloniale avonturen maakte de vergelijkende anatomie een enorme bloei door vanaf het midden van de negentiende eeuw.
